镇江新区的行政管理机构是镇江新区管理委员会，代表镇江市政府对新区的工作实施统一领导和管理。新区下辖丁岗、大路、姚桥三个镇和大港、丁卯两个街道，总面积218.9平方公里。

镇江新区十分注重专业、特色园区的建设。已建有中国镇江出口加工区、中国镇江留学人员创业园、国家级大学科技园、国家级镇江高新技术创业服务中心、国家级光电子与通讯原器件产业基地、国家级沿江绿色化工产业基地等6个国家级园区，以及省级镇江软件园、航空产业园、服务外包示范区等众多各具特色的投资创新创业载体平台。

为加快产业转型升级步伐，全区上下正倾力打造“两城五区十四园”。两城：镇江科技城、滨江产业新城；五区：科技创新核心区、低碳经济示范区、特色产业集聚区、生态和谐样板区、效能建设先行区；十四园：大学科技园、软件园、光伏产业园、航空产业园、车船装备园、民营创业园、现代物流产业园、现代农业示范园、工程技术创新园、轻纺工业园、绿色社体家园、国际化学工业园、静脉产业园、中小企业创业园。